Neben den Projekten, an denen die Stiftung beteiligt ist, gibt es derzeit drei stabile, institutionalisierte und langjährige Kooperationen mit Vereinigungen bzw. Vereinen,  an deren Entstehung die Stiftung beteiligt war: der Ökumenische Dienst Schalomdiakonat mit Sitz in Wethen, der Bremer Verein Arbeit und Zukunft und die bundesweite Vereinigung der Historischen Friedensforschung. Die Stiftung ist jeweils juristisches Mitglied und in den beiden ersten Fällen satzungsgemäß im Vorstand vertreten. Die inhaltliche Mitarbeit bei den Kooperationspartner ist ein wichtiger Aspekt der schwelle-Arbeit.

Die finanzielle Förderung gestaltet sich sowohl projektorientiert als auch als allgemeinen Zuschuss zu den laufenden Aktivitäten.